石河子大学药学院成立于2001年4月，其前身是医学院药学系，其历史可追溯至1953年的新疆军区卫生学校药学教研室，是新疆地区首个药学专业教育机构。学院以立足兵团、服务新疆、面向全国的药学发展为己任，秉承“笃学创新、精药济世”的院训，致力于满足国家大健康战略的需求。凭借其鲜明的区域特色和强大的专业实力，学院形成了注重基础、强化实践的教育模式，成为西北地区培养高级医药科技人才的重要基地。

学院开设有药学、中药学、制药工程、临床药学四个本科专业。其中，“药学”和“中药学”专业为国家一流专业建设点。药理学、药学是自治区重点学科。药学学科获批“十四五”兵团特色学科创新工程（2023年）。学院拥有药学一级学科博士学位授权点、药学一级学科硕士学位授权点、药学硕士专业学位授权点。药理学与毒理学学科已进入ESI全球前1%。

学院现有教职工72人，其中教授14人，副高职称25人。专任教师中拥有博士学位占比70%，高级职称占比75%。学院现有教育部“CJ学者”特聘教授2人，国家“四青人才” 2人，国务院特殊津贴专家2人，“天池英才”特聘专家（国家杰青）1人，包括青年“岐黄学者”“天池领军”人才在内的省部级人才28人次。雄厚的师资力量为学院的教学和科研工作提供了强大的动力，形成了一支经验丰富、科研实践能力卓越的教师队伍。学院将人才队伍建设视为人才培养的核心工程，以顶尖人才为引领，领军人才为重心，青年人才为支撑，潜力人才为基础，致力于提升教师队伍的国际化水平，培育创新团队和教学团队，形成了层次分明、相互衔接的人才队伍建设规划和制度支持体系。

学院与北京大学、华东理工大学、华中科技大学等国内众多知名高校和科研机构建立了稳定的对口支援和交流合作关系，为提升教师学术水平和人才培养能力、学生实习实践提供了良好的条件。学院鼓励教师攻读博士学位，提高学历层次，支持教师出国研修，拓宽国际视野。充分利用对口支援的机会，每年选送青年教师赴国内知名高校进修，全面提升了师资队伍的整体素质，致力于建设一支高素质、高水平、充满活力和创新精神的教师队伍。

学院拥有“新疆植物药资源利用”教育部重点实验室、李校堃院士团队“红花产业研究院”、屠鹏飞教授团队“岐黄学者工作室”，这些精良的科研和教学平台为师生提供了丰富的科研和教学实践资源。2024年，随着红花产业的成立，药学院正式开启“一体双翼”的高质量发展腾飞模式。此外，学院还拥有省级产学研联合培养基地等20多个校内外实践基地。学院发挥开放共享的优势，理顺体制机制，实现实验室的高效管理。通过优化实验室管理，改善实验教学环境，强化对学生探索精神和创新能力的培养，建立以能力培养为主线，分层次、多模块，相互衔接的实验教学体系。

学院始终围绕立德树人的根本任务，坚持用兵团精神育人，为兴疆固边服务。学院充分利用自身的学科优势和专业特点，紧跟新时代兵团事业的发展趋势和步伐，将学院的学科建设和专业发展聚焦于兵团医药事业的繁荣与发展，服务于兵团先进生产力和先进文化示范区的职能。学院不断丰富办学载体，营造良好的教书育人环境，全面提高人才培养质量，为疆内外培养了大量专业人才。