石河子大学药学院药学专业创建于1953年,是新疆第一个药学专业教育基地。学院历经新疆军区卫校药学教研组、兵团医专药学教研室、石河子医学院药学系,2001年4月成立石河子大学药学院。北京大学药学院、华东理工大学药学院、华中科技大学药学院对口支援石河子大学药学院。药学院设有教学系3个、教学实验中心1个、教育部重点实验室1个。拥有二级学科博士点1个,一级学科硕士点1个,二级学科硕士点6个,专业硕士学位点1个。拥有自治区重点学科1个,校级重点学科2个。拥有自治区精品课程1门,校级精品课程3门,一类课程5门、二类课程5门;校级特色专业1个、教学团队2个、人才培养模式创新实验区1个、实验教学示范中心1个;现有药学、中药学和制药工程等本科专业3个,并设有药学和中药学专业的高等职业教育与成人教育。

学院现有教职工51人,专任教师40人,其中教授9人,副教授16人,博士生导师5人,硕士生导师21人,博士27人。专任教师中入选国家首批“千人计划”新疆项目1人,教育部“新世纪优秀人才支撑计划”3人,兵团特聘专家1人,“兵团杰出青年”1人,“兵团英才”培养人选2人,兵团学科带头人2名,大学“绿洲学者”6人。拥有“新疆特种植物药物质基础与作用机制研究” 兵团科技创新团队。引进、培养组建了一支强大的创新团队,拥有“新疆特种植物药物质基础与作用机制研究”兵团科技创新团队。学院聘有多名国内外学者为兼职教授,是西北地区培养高级医药科技人才的重要基地。2015年,学院面向全国16个省区招生,学院共有全日制在校学生919人,其中硕士研究生90人,本科生829人。内地生源占60%。本科毕业生就业率位居大学前列,涉及医药研究、生产、检验、管理、流通、营销、临床应用等领域。

学院拥有良好的教学、科研条件。有药用植物园和中药标本室各1个,标准化实验室37个,总面积约3000m2,拥有流式细胞仪、蛋白质高通量液相芯片分析系统、化学发光检测成像系统、斑马鱼平台、特征蛋白分析系统、超声波细胞破碎仪、酶标仪、液质联用色谱仪、高效液相色谱仪、制备 HPLC色谱仪、高速逆流色谱、气相色谱仪等仪器设备总价值3000余万元。学院建立了大学生科技创新基地,拥有新疆药物研究所、新疆中药民族药研究所、自治区人民医院、兰州军区乌鲁木齐总医院、石河子大学医学院一附院、华士丹药业等校外教学实习基地十余所,自治区产学研联合培养研究生示范基地 1个。近年来,学院先后承担了国家十二五支撑计划维药现代化关键技术研究,国家“973”前期预研项目2项、国家重大新药创制科技重大专项1项;承担国家“863”项目、国家自然科学基金项目、教育部项目、省部级科技项目、兵团博士资金项目等50余项,以及企业横向联合项目十余项。获省部级科技进步奖15项,发表科研论文500余篇,其中SCI、EI收录70余篇。